蛋白组学分析 蛋白质组学研究，这篇够经典！

蛋白组学分析 蛋白质组学研究，这篇够经典！蛋白质组学分析(蛋白质的蛋白质组学研究，这篇文章够经典！)

作者:盛大师

如今，教学大学使用蛋白质的文章进行小组研究，技术上很容易填补博士毕业期刊oncotarget(除了自己的水平，它还看很多其他方面，了解它所知道的一切)。

在正文开始之前，我推荐一本书和一篇蛋白质组学的评论。该书是冷泉港蛋白质组学实验手册，适合完全不懂零基础的初学者。综述是基于化学综述(影响因素超过40个，化学类最高)的Shotgun/自下而上蛋白质组学的蛋白质分析，适合有一定基础的阅读。

好了，言归正传，什么是蛋白质组学，蛋白质组学不仅包括蛋白质的鉴定和定量，还包括蛋白质的定位、修饰、相互作用、活性以及最终的功能。

我们主要讲蛋白质的鉴定和定量，这就引出了两类文章。第一种是尽可能地鉴定细胞或组织中的所有蛋白质，与分析化学无关。第二种是差异蛋白质组学，通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异来解释细胞的生理和病理机制。

从医学角度来看，蛋白质组学的整个实验过程很容易理解。第一步是从不同的组织或细胞样品中分离蛋白质，第二步是通过蛋白质鉴定和定量具有显著表达差异的蛋白质。第三步，在此基础上对选择的蛋白质进行验证，最后对深圳生命网进行分析(如下图)。

有两种不同的分离过程，第一种是自上而下(直接分离蛋白质)，主要技术是双向电泳(不推荐，很麻烦)。第二种是自上而下法(通过酶水解蛋白质获得的肽的分离)，主要技术是液相色谱。

今天我们将讨论自上而下，这篇文章发布在oncotarget上，主题如下

深圳生命网新辅助放化疗临床癌症患者肿瘤反应预测蛋白簇的鉴定

不要说什么背景。快速阅读总结，看看如何做。

1.通过比较差异蛋白表达寻找预测疗效的生物标志物。

2.根据疗效分三组比较差异表达蛋白，用二维荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE)进行分离和定量。

3深圳生活网。通过2D凝胶图像分析软件，发现30个表达差异显著的蛋白点，其中16个点在TRG1-2 vs TRG3中表达差异显著，14个点在TRG1-2 vs TRG4中表达差异显著。作者用这30个点作为参数对主成分分析进行降维，发现TRG3和TRG4都能很好地与TRG1-2分离。

此外，还分析了30个斑点在正常和癌症组织中的表达。

TRG3、TRG4和TRG1-2蛋白点377、471、683和684的表达有显著差异。正常组织和癌组织中471、683和684点的表达有显著差异。

4.蛋白酶被切割成肽，用纳米液相色谱分离，然后用生物质谱鉴定。

5.另一组患者验证了所鉴定的候选蛋白。最后，用STRING分析了蛋白质的相互作用。

本文是一篇利用双向电泳分析差异蛋白组学的经典文献，值得参考。

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