质粒图谱 一分钟教你读懂质粒图谱!
质粒图谱 一分钟教你读懂质粒图谱!
质粒图谱为质粒DNA序列的物理图谱,提供了包括质粒的大小、筛选标记、克隆位点、转录及翻译元件等信息,为我们选择质粒、了解质粒特点及应用提供了重要依据。对于初学者来说改如何去阅读质粒图谱呢?今天来给大家讲解一下深圳生活网如何阅读质粒图谱,底部还有质粒、酶切切点选择的相关教学视频。
质粒的组成要素有哪些
复制起始位点:Ori 即控制复制起始的位点。原核生物 DNA 分子中只有一个复制起始点。而真核生物 DNA 分子有多个复制起始位点。
抗生素抗性基因:可以便于加以检测,如 Amp+ ,Kan+。
多克隆位点MCS:克隆携带外源基因片段。
P/E 启动子/增强子
Terms 终止信号
加poly A信号:可以起到稳定 mRNA 作用
如何阅读质粒图谱
第一步:首先看 Ori 的位置,了解质粒的类型 原核/真核/穿梭质粒。
第二步:再看筛选标记,如抗性,决定使用什么筛选标记。
Ampr 水解 -内酰胺环,解除氨苄的毒性。
tetr 可以阻止四环素进入细胞。
camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物,使之失去毒性。
neor kanr 氨基糖苷磷酸转移酶 使 G418 长那霉素衍生物失活。
hygr 使潮霉素 失活。
第三步:看多克隆位点 MCS。
它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入,会导致某种标志基因的失活,而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步:再看外源 DNA 插入片段大小。
质粒一般只能容纳小于 10 Kb 的外源 DNA 片段。一般来说,外源 DNA 片段越长,越难插入,越不稳定,转化效率越低。
第五步:是否含有表达系统元件,即启动子-核糖体结合位点-克隆位点-转录终止信号。
这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体,还是要以实验目的为准绳。
启动子-核糖体结合位点-克隆位点-转录终止信号
启动子-促进 DNA 转录的 DNA 顺序,这个 DNA 区域常在基因或操纵子编码顺序的上游,是 DNA 分子上可以与 RNApol 特异性结合并使之开始转录的部位,但启动子本身不被转录。
增强子/沉默子-为真核基因组 包括真核病毒基因组中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。/沉默子-负增强子,负调控序列。
核糖体结合位点/起始密码/ SD 序列 Rbs/AGU/SDs:mRNA 有核糖体的两个结合位点,对于原核而言是 AUG 起始密码和 SD 序列。
转录终止顺序 终止子/翻译终止密码子:结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列,此位点 down深圳生活网-stream 有一段 GT 或 T 富丰区,这 2 部分共同构成 poly A加尾信号。结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列,此位点 down-stream 有一段 GT 或 T 富丰区,这 2 部分共同构成 poly A加尾信号。
第六步:质粒图谱上的箭头。
有的箭头顺时针有的箭头逆时针,那其实是代表两条 DNA 链,即质粒是环状双链 DNA,它的启动子等在其中一条链上深圳生活网,而它的抗性基因在另一条链上。
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